Entre os séculos XI e XII, um líder tribal chamado Kabul Khan reuniu as tribos mongóis contra a China controlada pela Dinastia Jin, mas foi derrotado, e a unidade mongol foi desfeita. No final do século XII, um jovem chamado Temujin (Temuchin) unificara algumas tribos mongóis e turcas, e vencera outras em batalha, sendo aclamado por todos os mongóis como Genghis Khan ("poderoso governante").
Mapa mostrando o domínio de Genghis Khan (trecejado em laranja) no século XIIIGenghis passou mais de 20 anos de sua vida, entre 1204 e 1227, governando os mongóis e conquistando novos territórios. Sua ambição era governar todas as terras entre os oceanos (Atlântico e Pacífico) e quase conseguiu. Começando com uma estimativa de 25000 guerreiros, ele aumentou seu poderio subjugando outros nômades e atacou a China setentrional em 1211. Ele tomou Beijing (Pequim) em 1215 depois de uma campanha que deve ter custado 30 milhões de vidas chinesas. Os mongóis, então, voltaram-se ao Oeste, capturando a grande cidade comercial de Bukhara, na rota da seda, em 1220. A cidade foi incendiada e seus habitantes assassinados. Ao final de sua vida, a Mongólia era o coração de um império que incluía partes da China e da Manchúria, o reino de Xi Xia (que Genghis extinguira nos seus últimos dias de vida), toda a área dos atuais Casaquistão, Uzbequistão,Tajiquistão, Irã, Armênia e Geórgia, partes do Afeganistão, da Índia, da Rússia e do Iraque. Seus descendentes avançaram sobre o restante da China, todo o norte da Índia, Síria, praticamente toda a Rússia européia, parte da Polônia, Bulgária e Hungria, além de fazer dos turcos seljúcidas e dos reinos de Burma, Anan e Champa seus vassalos. Antes da morte, Genghis Khan dividiu o Império em quatro partes, a serem governadas por seus descendentes, mas subordinados ao Grande Khan.
Após a morte de Genghis Khan em 1227, seu filho Ogedei terminou a conquista da China setentrional e avançou para a Europa. Ele destruiu Kiev em 1240 e avançou para a Hungria. Quando Ogedei morreu em campanha em 1241, os mongóis retiraram-se para participar de uma eleição em sua capital, Karakorum, na Mongólia. As hordas de ouro, no entanto, mantiveram o controle da Rússia. A Europa foi poupada pois os governantes mongóis concentraram seus esforços contra o Oriente Médio e China meridional. Hulagu Khan, um neto de Genghis, exterminou os assassinos islâmicos e conquistou a capital dos muçulmanos, Bagdá, em 1258. A maior parte dos 100.000 habitantes da cidade foram assassinados. Em 1260, um exército muçulmano de Mamelucos (escravos guerreiros com status elevado) egípcios derrotaram os mongóis na atual Israel, acabando com a ameaça mongol para o Islã e suas cidades sagradas.
O Império Mongol (1300 — 1405).Kublai Khan, outro neto de Genghis, foi o último Grande Khan a obter sucesso na expansão do império, conquistando toda a China em 1279, fundando a Dinastia Yuan, que governaria os chineses por quase 100 anos. Tentativas de invasão do Japão foram frustradas com pesadas perdas em 1274 e 1281. Uma vez estabelecido o império, porém, veio a grande paz, a dita Pax mongolica. Viajantes, entre os quais Marco Polo, cruzavam o país por meio dos caravançarás (abrigo para hospedagem de caravanas) do império. Houve um contínuo fluxo comercial, e também de idéias e tecnologia, entre homens de diversas terras e religiões. Por um período, os mongóis floresceram na região das estepes e partes do norte da China. Em 1294 Kublai morre na China, e o poderio mongol começou a declinar na Ásia e em outros lugares. Os 4 principados mongóis se tornaram formalmente independentes, e, com exceção do Canado da Horda Dourada na Rússia, tiveram curta existência. A Dinastia Yuan controlava a China e a Mongólia, sua terra natal. Mas quando o último imperador Yuan foi deposto pelos Ming, a Mongólia não obteve sua independência, e seu território permaneceu sob a autoridade chinesa até a queda do poder imperial, em 1911.
Na década de 1370 um guerreiro turco-mongol, dizendo-se descendente de Genghis Khan, lutou pela liderança dos estados mongóis da Ásia Central e pôs-se a restaurar o Império Mongol. Seu nome era Timur Leng (Timur, o coxo; Tamerlão para os europeus e Príncipe da Destruição para os asiáticos). Com um outro exército de aproximadamente 100.000 cavaleiros, ele entrou na Rússia e na Pérsia, lutando principalmente com outros muçulmanos. Em 1398 ele saqueou Delhi, matando 100.000 de seus habitantes. Ele avançou para o Oeste derrotando um exército egípcio de Mamelucos na Síria. Em 1402 ele derrotou um grande exército turco-otomano perto da atual Ankara. A beira de destruir o Império Otomano, ele novamente mudou de direção, inesperadamente. Ele morreu em 1404 marchando para a China. Ele preferia conquistar riquezas e dedicou-se a escravizar indiscriminadamente os vencidos, sem parar para instalar governos estáveis. Por isso, o grande reino herdado por seus filhos ruiu rapidamente após a sua morte, interrompendo a unidade dos mongóis.
Século XVII
Os Manchus, um grupo tribal que conquistara a China em 1644 formando a dinastia Qing, conseguiram trazer a Mongólia para o controle manchu em 1691, como Mongólia Exterior, quando os nobres mongóis Khalkha prestaram um juramento de aliança com o imperador manchu. Os governantes mongóis da Mongólia Exterior desfrutavam de considerável autonomia sob os Manchus, e todas as pretensões chinesas sobre a Mongólia Exterior após a proclamação da república tomaram por base esse juramento. Uma aliança entre a teocracia budista e a aristocracia secular mongol liderou o país de 1696 ao século XX, controlada pela dinastia Manchu. Em 1727, a Rússia e a China manchu concluíram o Tratado de Khyakta, delimitando as fronteiras entre a China e a Mongólia que ainda existe, em linhas gerais, até hoje.
A partir do século XX
Com a eclosão da revolução chinesa em 1911, a Mongólia Exterior separou-se da China e colocou-se sob a protecção da Rússia Czarista. Os laços com a Rússia mantiveram-se após a Revolução Bolchevista de 1917. Em 1921, o Partido Revolucionário do Povo Mongol (MPRP) estabeleceu um governo popular provisório, que conservou a monarquia teocrática, mas limitando seus poderes. A recém formada União Soviética instalou na jovem república mongol um líder com orientações bolcheviques, que lideraria um processo que levaria à instauração de um regime comunista, em 1925. O Partido Revolucionário Popular Mongol manteve durante o período comunista estreitos laços com o Partido Comunista da URSS. Durante as décadas de 1920 e 1930, diversas figuras políticas de topo, que defendiam uma maior independência em relação ao regime de Moscovo, como Dogsomyn Bodoo e Horloogiyn Dandzan, foram assassinadas, vítimas de lutas de poder. Em 1928, Horloogiyn Choybalsan sobe ao poder. Sob o seu regime, a colectivização forçada do gado e terras foi instituída, e a destruição de mosteiros budistas em 1937 deixou mortos mais de 10.000 lamas (religiosos budistas).
A República Popular da Mongólia só foi reconhecida pela China em 1946. O primeiro-ministro Yumjaagiyn Tsedenbal governou de 1952 a 1984, quando foi sucedido por Jambyn Batmunk. O presidente, de 1954 a 1972 foi Zhamsarangin Sambun.
As dissenções entre Rússia e China fizeram com que as relações entre China e Mongólia fossem praticamente encerradas até a dissolução do Partido Comunista mongol e a queda do regime em 1990. Desde então, a Mongólia experimenta um regime parlamentarista com eleições diretas a cada quatro anos, além de um renascimento cultural e religioso sem precedentes nos 75 anos de comunismo.
Depois da renúncia do primeiro-ministro Jambyn Batmonh em 1990, Punsalmaagiyn Ochirbat assumiu a presidência e iniciou um período de abertura política (com a realização das primeiras eleições multipartidárias) e económica. Em 1992, foi aprovada uma nova Constituição, que mudou a denominação oficial do estado para República da Mongólia, levando em consideração os conceitos de democracia, economia mista, liberdade de idioma e neutralidade nos assuntos externos. Em 1993, foram realizadas as primeiras eleições presidenciais. As eleições de 1997 deram a vitória a Natsagiin Bagabandi, líder do MPRP.
